Dataset
2023
Meyneng Mathisse, Lemonnier Hugues, Le Gendre Romain, Plougoulen Gwenola, Antypas Florence, Ansquer Dominique, Serghine Joelle, Siano Raffaele (2023). SEARSE project: metabarcoding data (V4-18S, V4V5-16S). IFREMER. https://doi.org//10.12770/26840434-8354-4856-9d5e-e562c8de7252
2022
Siano Raffaele, Roux Pauline, Schapira Mathilde, Martens Kenneth Neil, André Coralie, Terre Terrillon Aouregan, Schmitt Anne, Manach Soazig, Collin Karine, Serghine Joelle, Noel Cyril (2022). When phytoplankton do not bloom: the case of the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum in southern Brittany (France) assessed by environmental DNA. National Centre for the Development of the Oceans, Brittany Oceanological Centre. https://doi.org/10.12770/53dfe316-a6d4-426f-8983-56f2b37a5e8a
Bibliography
2024
Meyneng Mathisse, Lemonnier Hugues, Le Gendre Romain, Antypas Florence, Ansquer Dominique, Serghine Joelle, Schmitt Sophie, Siano Raffaele (2024). Subtropical coastal microbiome variations due to massive river runoff after a cyclonic event . Environmental Microbiome , 19(1), 10 (24p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.1186/s40793-024-00554-9 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00875/98690/
2023
Gourmelon Michele (2023). Microbiomes dans les écosystèmes estuariens en France : ROME, le réseau d’ADN/ARN environnemental . Journées du réseau O-ADN environnemental. 29-30 Novembre 2023, Cestas .
Siano Raffaele, Arzul Isabelle, Gourmelon Michele, Le Guyader Soizick, Durand Patrick, Serghine Joelle, Parnaudeau Sylvain, Quere Julien, Schmitt Sophie, Francoise Sylvaine, Mary Charlotte, Hernandez Farinas Tania, Terre Terrillon Aouregan, Lebrun Luc, Chomerat Nicolas, Seugnet Jean-Luc, Pepin Jean-Francois, Felix Christine, Serais Ophelie, Gobet Angélique, Chevalier Mathieu, Chevignon Germain, Lecadet Cyrielle, Morga Benjamin, Piquet Jean-Come, Lemoine Maud, Leroi Laura, Noel Cyril (2023). Coastal microbiomes in riverine ecosystems of the French coastline: the ROME project . ISEEMPD 2022 - International Symposium on Ecology and Evolution of Marine Parasites and Diseases. 15-18 November 2022 .
Gourmelon Michele (2023). Microbiomes côtiers dans les écosystèmes estuariens en France : le réseau d’ADN/ARN environnemental. ROME . MICROBES 2023 - 18e Congrès National de la SFM ( Société Française de Microbiologie) « Un monde à explorer » . 4-6 octobre 2023, Rennes .
Siano Raffaele, Arzul Isabelle, Gourmelon Michele, Le Guyader Soizick, Durand Patrick, The Rome Consortium (2023). Coastal microbiomes in estuarine ecosystems of France: the eDNA network ROME . ASC 2023 - ICES Annual Science Conference 2023. 11–14 September 2023 Bilbao, Spain .
Siano Raffaele, Arzul Isabelle, Gourmelon Michele, Le Guyader Soizick, Durand Patrick, Serghine Joelle, Parnaudeau Sylvain, Quere Julien, Schmitt Sophie, Francoise Sylvaine, Mary Charlotte, Hernandez Farinas Tania, Terre Terrillon Aouregan, Lebrun Luc, Chomerat Nicolas, Seugnet Jean-Luc, Pepin Jean-Francois, Felix Christine, Serais Ophelie, Gobet Angélique, Chevalier Mathieu, Chevignon Germain, Lecadet Cyrielle, Morga Benjamin, Piquet Jean-Come, Lemoine Maud, Leroi Laura, Noel Cyril (2023). Coastal microbiomes in estuarine ecosystems of France: the eDNA network ROME . ASLO - Aquatic Sciences Meeting 2023 "Resilience and Recovery in Aquatic Systems". 4-9 June 2023, Palma de Mallorca, Spain.
Ifremer, ODE/VIGIES (2023). Journées REPHY 2022. Nantes, 1er et 2 décembre 2022. Compilation des interventions et résumés . ODE/VIGIES/23-08 . https://archimer.ifremer.fr/doc/00838/94981/
Roux Pauline, Schapira Mathilde, Mertens Kenneth, Andre Coralie, Terre Terrillon Aouregan, Schmitt Anne, Manach Soazig, Collin Karine, Serghine Joelle, Noel Cyril, Siano Raffaele (2023). When phytoplankton do not bloom: the case of the dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum in southern Brittany (France) assessed by environmental DNA . Progress In Oceanography , 212, 102999 (15p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.1016/j.pocean.2023.102999 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00822/93374/
2022
Gourmelon Michele, Boukerb Amine M., Nabi Nesrine, Banerji Sangeeta, Joensen Katrine G., Serghine Joelle, Cormier Alexandre, Megraud Francis, Lehours Philippe, Alter Thomas, Ingle Danielle J., Kirk Martyn D., Nielsen Eva M. (2022). Genomic Diversity of Campylobacter lari Group Isolates from Europe and Australia in a One Health Context . Applied And Environmental Microbiology , 88(23), 21p. Publisher's official version : https://doi.org/10.1128/aem.01368-22 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00804/91613/
Urvoy Marion, Gourmelon Michele, Serghine Joelle, Rabiller Emilie, L Helguen Stephane, Labry Claire (2022). Free-living and particle-attached bacterial community composition, assembly processes and determinants across spatiotemporal scales in a macrotidal temperate estuary . Scientific Reports , 12(1), 13897 (14p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.1038/s41598-022-18274-w , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00788/90027/
2021
Gourmelon Michele, Siano Raffaele, Jeanthon Christian, Garnier Matthieu, Malo Florent, Noel Cyril, Serghine Joelle, Philippe Aurelie, Hafdane Katouar, Vitre Thomas, Briand Enora (2021). History of a couple: Alexandrium minutum and its associated bacterium in both natural and cultivated populations . ICHA 2021 - 19th International Conference on Harmful Algae. October 10-15, Mexico .
Garry Pascal, Le Guyader Soizick (2021). Rapport d'activités 2020. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie, Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages . RBE/SGMM/LSEM 21-03 . https://archimer.ifremer.fr/doc/00691/80332/
2020
Gourmelon Michele, Serghine Joelle, Boukerb Mohamed, Garry Pascal (2020). Revue bibliographique : risques de contamination des coquillages par les contaminations d’origine aviaire . MAAF, Direction Générale de l’Alimentation, Bureau des Produits de la Mer et d’Eau Douce, Paris , Ref. mail du 6 mars de la DGAL , 5p., 1p., 5p. https://archimer.ifremer.fr/doc/00623/73462/
Garry Pascal, Le Guyader Soizick (2020). Rapport d’activités 2019. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie, Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages . RBE/SG2M/LSEM . https://archimer.ifremer.fr/doc/00615/72671/
Boukerb Amine Mohamed, Schaeffer Julien, Serghine Joelle, Carrier Gregory, Le Guyader Soizick, Gourmelon Michele (2020). Complete Genome Sequence of Campylobacter armoricus CA639, Which Carries Two Plasmids, Compiled Using Oxford Nanopore and Illumina Sequencing Technologies . Microbiology Resource Announcements , 9(1), e01309-19 (3p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.1128/MRA.01309-19 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00600/71164/
2019
Boukerb Amine M., Penny Christian, Serghine Joelle, Walczak Cécile, Cauchie Henry-Michel, Miller William G., Losch Serge, Ragimbeau Catherine, Mossong Joël, Mégraud Francis, Lehours Philippe, Bénéjat Lucie, Gourmelon Michele (2019). Campylobacter armoricus sp. nov., a novel member of the Campylobacter lari group isolated from surface water and stools from humans with enteric infection . International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology , 69(12), 3969-3979 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1099/ijsem.0.003836 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00591/70346/
Desdouits Marion, Garry Pascal, Gourmelon Michele, Hervio Heath Dominique, Hubert Francoise, Kaelin Gaelle, Kergaravat Cedric, Le Mennec Cecile, Le Guyader Soizick, Loiseau Veronique, Lozach Solen, Maillot Jessica, Ollivier Joanna, Parnaudeau Sylvain, Piquet Jean-Come, Quenot Emmanuelle, Rocq Sophie, Schaeffer Julien, Serghine Joelle, Vallade Emilie, Veron Antoine, Wacrenier Candice (2019). Rapport d’activités 2018 – Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie. RBE/SG2M/LSEM 18-1 . https://archimer.ifremer.fr/doc/00491/60218/
2018
Lapegue Sylvie, Bechemin Christian, Le Guyader Soizick, Stavrakakis Christophe, Rivet Florence (2018). Rapport d’activités 2017 de l’unité SG2M, Santé Génétique et Microbiologie des Mollusques . R.RBE/SG2M/2018-01 .
Garry Pascal, Le Guyader Soizick (2018). Rapport d’activités 2017. Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie. Laboratoire National de Référence de Microbiologie des coquillages . https://archimer.ifremer.fr/doc/00465/57686/
2017
Bellec Laure, Louboutin Lenaig, Cabon Joelle, Castric Jeanne, Cozien Joelle, Thiery Richard, Morin Thierry (2017). Molecular evolution and phylogeography of infectious hematopoietic necrosis virus with a focus on its presence in France over the last 30 years . Journal Of General Virology , 98(10), 2438-2446 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1099/jgv.0.000894 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00399/51015/
2016
Lapegue Sylvie, Renault Tristan, Bechemin Christian, Le Guyader Soizick, Stavrakakis Christophe, Rivet Florence (2016). Rapport d'activités 2015 de l'Unité SG2M : Santé, Génétique et Microbiologie des Mollusques . https://archimer.ifremer.fr/doc/00319/43055/
2015
Renault Tristan, Lapegue Sylvie, Le Guyader Soizick, Hatt Philippe-Jacques, Rivet Florence (2015). Rapport d'activités 2014 de l'Unité SG2M. Santé, Génétique et Microbiologie des mollusques . https://archimer.ifremer.fr/doc/00283/39455/
Gourmelon Michele, Baliere Charlotte, Caprais Marie-Paule, Cozien Joelle, Garry Pascal, Hervio Heath Dominique, Hubert Celine, Le Saux Jean-Claude, Le Guyader Soizick, Lozach Solen, Parnaudeau Sylvain, Quenot Emmanuelle, Strubia S., Veron Antoine, Baliere Cl., Bruey Q., Giard J-C, Rince I., Jarde E., Harrault L., Jeanneau L., Petitjean P., Cheve Julien, Rince Alain (2015). Recherche de bactéries potentiellement pathogènes et de norovirus dans de zones conchylicoles de Bretagne et Normandie et leurs bassins versants. Identification des sources de contamination fécale . QSPA 2015 - Colloque Qualité et Sécurité des Produits Aquatiques, 17, 18-19 Juin 2015, Boulogne-sur-Mer .
Lelchat Florian, Cozien Joelle, Le Costaouec Tinaig, Brandily Christophe, Schmitt Sophie, Baudoux Anne-Claire, Colliec-Jouault Sylvia, Boisset Claire (2015). Exopolysaccharide biosynthesis and biodegradation by a marine hydrothermal Alteromonas sp. strain . Applied Microbiology And Biotechnology , 99(6), 2637-2647 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1007/s00253-014-6075-y , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00240/35129/
2008
Simon-Colin Christelle, Raguenes Gerard, Cozien Joelle, Guezennec Jean (2008). Halomonas profundus sp nov., a new PHA-producing bacterium isolated from a deep-sea hydrothermal vent shrimp . Journal of Applied Microbiology , 104(5), 1425-1432 . https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2007.03667.x
Simon-Colin Christelle, Alain Karine, Colin Sebastien, Cozien Joelle, Costa B, Guezennec Jean, Raguenes Gerard (2008). A novel mcl PHA-producing bacterium, Pseudomonas guezennei sp nov, isolated from a 'kopara' mat located in Rangiroa, an atoll of French Polynesia . Journal of Applied Microbiology , 104(2), 581-586 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2007.03568.x , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3858/
2002
Cambon-Bonavita Marie-Anne, Raguenes Gerard, Jean Joelle, Vincent Pascal, Guezennec Jean (2002). A novel polymer produced by a bacterium isolated from a deep-sea hydrothermal vent polychaete annelid . Journal Of Applied Microbiology , 93(2), 310-315 . https://doi.org/10.1046/j.1365-2672.2002.01689.x
2001
Wery Nathalie, Moricet Jean-Marc, Cueff Valerie, Jean Joelle, Pignet Patricia, Lesongeur Francoise, Cambon-Bonavita Marie-Anne, Barbier Georges (2001). Caloranaerobacter azorensis gen. nov., sp nov., an anaerobic thermophilic bacterium isolated from a deep-sea hydrothermal vent . International journal of systematic and evolutionary microbiology , 51, 1789-1796 . Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00000/586/