Morgane Chalopin

Technicienne en biologie moléculaire, microbiologie

Laboratoire Détection, Capteurs et Mesures (PDG-REM-RDT-LDCM)

Contact par courriel

02 98 22 47 69

Employeur : Ifremer

Site : Brest

Adresse postale : Centre Bretagne - ZI de la Pointe du Diable - CS 10070 - 29280 Plouzané

URL : https://annuaire.ifremer.fr/cv/28000/

ORCID orcid icon : 0000-0003-4777-2211

Expérience professionnelle

2019 - 2020 : CDD (24 mois) ANSES Plouzané, Unité Pathologies Virales des Poissons, LNR Maladies réglementées des poissons. Technicienne en biologie moléculaire.

- Validation de méthodes de diagnostic moléculaire de virus pathogènes des salmonidés, projet R&D Innovation « FishDetect »

- Support technique au partenaire industriel du projet pour le développement d’un kit multiplex RT-PCR en temps réel, et validation du kit commercial

- Mise en place d’une méthode d’extraction semi-automatisée des acides nucléiques au laboratoire

- Analyses d’expression de gènes par qPCR pour évaluer la réponse immunitaire du bar commun soumis à différents régimes alimentaires et infectés expérimentalement avec du Nodavirus.


2018 : CDD (12 mois) LEMAR UMR 6539, IUEM Plouzané, Laboratoire des sciences de l’Environnement MARin. Assistante ingénieure en biologie moléculaire.

- Réalisation de librairies d’ADN 16S bactérien pour le projet ANR Nanoplastic, dans le cadre d’une manipulation de suivi de la dynamique temporelle de colonisation des microplastiques par des micro-organismes, notamment des bactéries de type Vibrio avant, pendant, et après des épisodes de mortalité d’huîtres.


2016 - 2017 : CDD (12 mois) UBO LUBEM Plouzané, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d'Ecologie Microbienne. Technicienne en microbiologie et biologie moléculaire.

- Isolement de champignons, Fusarium et Colletotrichum, à partir de matériel végétal varié. Identification moléculaire de souches (PCR, séquençage Sanger). Constitution et gestion de la collection interne.

- Mise au point d’une PCR multiplexe spécifique d’espèces de Colletotrichum, et développement d’une technique de détection rapide du Colletotrichum impliqué dans l’anthracnose du lupin.


2015 - 2016 : CDD (8 mois) Ifremer Centre de Brest, LPI Laboratoire de Physiologie des Invertébrés. Technicienne en biologie moléculaire.

- Réalisation de librairies d’ADN 16S bactérien dans le cadre de l’étude métagénomique de la flore bactérienne associée aux microplastiques collectés en rade de Brest, projet « FUI20 Microplastiques ».

- Analyses d’expression de gènes par qPCR pour mesurer la réponse de l’huitre aux environnements changeants et perturbés, notamment algues toxiques, projet ANR « Accutox ».


2015 : CDD (6 mois) Ifremer Centre de Brest, LSEM Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie. Technicienne en microbiologie et biologie moléculaire.

- Participation aux diverses activités de recherche : réalisation de sérotypages, analyses MALDI-TOF de Campylobacter, et analyse de l’expression in vivo de la virulence chez V. parahaemolyticus.

- Réflexion et développement de tests (laboratoire et in vivo) pour l'utilisation de capteurs passifs ciblant Vibrio.


2011 - 2014 : CDD (4 ans) Ifremer Centre de Brest, LM2E UMR 6197 Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes. Assistante ingénieure en microbiologie et biologie moléculaire,

- Mise en place d'une plate-forme d’isolement haut débit de micro-organismes, projet COCAGNE et projet Européen MaCuMBA : de la mise en culture en format plaque, manuelle ou automatisée, jusqu’à l’identification moléculaire et la conservation/gestion des souches.


2007 - 2011 : CDI (3 ans) Institut Français des Empreintes Génétiques IFEG, Nantes. Technicienne en biologie en expertise judiciaire.

- Réalisation d’analyses en empreintes génétiques humaines : prélèvement sur scellés judiciaires, extraction d'ADN, dosage qPCR et PCR, génotypage et séquençage, analyse des données et compte rendu technique.


2007 : CDD (5 mois) INRA Ploudaniel, Laboratoire Amélioration des Plantes et Biotechnologie Végétales. Technicienne en biologie.

- Réalisation d’analyses de marqueurs microsatellites pour localiser le(s) gène(s) de résistance de la pomme de terre au nématode M. incognita.

 


Formation

2007 : Licence professionnelle Biologie moléculaire, Mention Bien - Université de Pau et des pays de l'Adour, Mont-de-Marsan : Stage au laboratoire LM2E à Plouzané (4 mois).

2006 : BTSA Analyses Biologiques et Biotechnologiques Agricole, Mention Bien - Lycée Le Gros Chêne LEGTA, Pontivy : Stage au laboratoire APBV à Ploudaniel (3 mois).


Bibliographie

2020

L'Haridon Stephane, Haroun Hani, Corre Erwan, Roussel Erwan, Chalopin Morgane, Pignet Patricia, Balière Charlotte, La Cono Violetta, Jebbar Mohamed, Yakimov Michail, Toffin Laurent (2020). Methanohalophilus profundi sp. nov., a methylotrophic halophilic piezophilic methanogen isolated from a deep hypersaline anoxic basin . Systematic And Applied Microbiology , 43(5), 126107 (8p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.1016/j.syapm.2020.126107 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00635/74744/

2018

Frere Laura, Maignien Lois, Chalopin Morgane, Huvet Arnaud, Rinnert Emmanuel, Morrison Hilary, Kerninon Sandrine, Cassone Anne-Laure, Lambert Christophe, Reveillaud Julie, Paul-Pont Ika (2018). Microplastic bacterial communities in the Bay of Brest: Influence of polymer type and size . Environmental Pollution , 242(Part A), 614-625 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1016/j.envpol.2018.07.023 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00449/56082/
Mat Audrey, Klopp Christophe, Payton Laura, Jeziorski Celine, Chalopin Morgane, Amzil Zouher, Tran Damien, Wikfors Gary H., Hegaret Helene, Soudant Philippe, Huvet Arnaud, Fabioux Caroline (2018). Oyster transcriptome response to Alexandrium exposure is related to saxitoxin load and characterized by disrupted digestion, energy balance, and calcium and sodium signaling . Aquatic Toxicology , 199, 127-137 . https://doi.org/10.1016/j.aquatox.2018.03.030

2016

Quadri Ines, Hassani Imene Ikrame, L'Haridon Stephane, Chalopin Morgane, Hacene Hocine, Jebbar Mohamed (2016). Characterization and antimicrobial potential of extremely halophilic archaea isolated from hypersaline environments of the Algerian Sahara . Microbiological Research , 186, 119-131 . https://doi.org/10.1016/j.micres.2016.04.003

2014

L Haridon Stephane, Chalopin Morgane, Colombo Delphine, Toffin Laurent (2014). Methanococcoides vulcani sp nov., a marine methylotrophic methanogen that uses betaine, choline and N,N-dimethylethanolamine for methanogenesis, isolated from a mud volcano, and emended description of the genus Methanococcoides . International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology , 64(6), 1978-1983 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1099/ijs.0.058289-0 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00211/32181/
L'Haridon Stephane, Jiang Lijing, Alain Karine, Chalopin Morgane, Rouxel Ouafae, Beauverger Mikael, Xu Hongxiu, Shao Zongze, Jebbar Mohamed (2014). Kosmotoga pacifica sp. nov., a thermophilic chemoorganoheterotrophic bacterium isolated from an East Pacific hydrothermal sediment . Extremophiles , 18(1), 81-88 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1007/s00792-013-0596-7 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00171/28204/


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