L'Ifremer est dirigé par un Président-Directeur général, nommé pour 5 ans par décret pris en Conseil des Ministres.

La Direction Générale prépare les délibérations du conseil d'administration et s'assure de leur exécution. Elle représente l'institut dans tous les actes de la vie civile, dans ses rapports avec les tiers et dans ses relations internationales.

Assisté d'un Directeur Général Délégué, et avec l'aide d'un Comité de Direction composé de l'ensemble des Directeurs de l'Institut, le Président-Directeur général définit la stratégie de l'Ifremer, dirige la planification, l'arbitrage et la répartition des moyens humains et financiers, et assure la tutelle scientifique des structures et programmes de recherche.