Sylvie Lapègue

Sylvie Lapègue

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ORCID orcid icon : 0000-0003-4969-9273

Dataset

2025

Lapegue Sylvie, Malkocs Tamas, Cornette Florence, Méndez-Fernandez Paula, Spitz Jérôme, Bonin Aurélie, Reisser Celine, Arnaud-Haond Sophie, Noel Cyril, Viricel-Pante Amelia (2025). Cetacean NGS sequences from eDNA samples (D-loop). IFREMER. https://doi.org//10.12770/9087ff34-cbf1-417a-bf50-7dbb76a2d08d
Lapegue Sylvie, Malkocs Tamas, Cornette Florence, Méndez-Fernandez Paula, Spitz Jérôme, Bonin Aurélie, Reisser Celine, Arnaud-Haond Sophie, Noel Cyril, Viricel-Pante Amelia (2025). Cetacean NGS sequences from eDNA samples (cyt-b). IFREMER. https://doi.org//10.12770/0ebdc7e0-d0bc-486d-8e49-6a33b45ec8bd

2024

Lapegue Sylvie, Malkocs Tamas, Cornette Florence, Méndez-Fernandez Paula, Spitz Jérôme, Bonin Aurélie, Reisser Celine, Arnaud-Haond Sophie, Noel Cyril, Viricel-Pante Amelia (2024). Fish NGS sequences associated to cetaceans from eDNA samples. IFREMER. https://doi.org//10.12770/7c2b753e-ba6d-46a9-ba8d-56e5a075970d
Lapegue Sylvie, Fortunato Honoré, Cornette Florence, Bouvier Corinne, Violette Hervé, Bonin Aurélie, Noel Cyril, Lagarde Franck (2024). Metabarcoding in the Thau and Berre lagoons to detect Veneroidaee. IFREMER. https://doi.org//10.12770/76488bcc-e2c7-4839-a28e-978a2e6eee81

2022

Lapegue Sylvie, Cornette Florence, Gagnaire Pierre-Alexandre, Ernande Bruno, Villeger Sebastien (2022). Whole genome sequences of 160 fish. IFREMER. https://doi.org/10.12770/47a8e408-9612-4228-a655-e26d9e70745c

2021

Lapegue Sylvie, Cornette Florence, Heurtebise Serge, Lamy Jean-Baptiste, Bierne Nicolas, Gagnaire Pierre-Alexandre (2021). RAD-sequences of Crassostrea gigas X Crassostrea angulata families. IFREMER. https://doi.org//10.12770/d354e05c-384f-4a86-9357-9688f01b9eb3
Lapegue Sylvie, Cornette Florence, Heurtebise Serge, Bierne Nicolas (2021). Whole genome sequencing of 28 European flat oysters, Ostrea edulis, sampled across Europe for the FlatTrac project, 2021. IFREMER. https://doi.org//10.12770/a995f0e9-871b-446b-9d3e-cce0d4c81407
Harrang Estelle, Heurtebise Serge, Bierne Nicolas, Reisser Celine, Lapegue Sylvie (2021). SNPs genotypes of European flat oysters . SEANOE . https://doi.org/10.17882/84947

2020

Lapegue Sylvie, Heurtebise Serge, Cornette Florence, Guichoux Erwan, Gagnaire Pierre-Alexandre (2020). SNP panels genotyping data for the genetic characterization of cupped oyster resources in Europe . SEANOE . https://doi.org/10.17882/71545
Cornette Florence, Lapegue Sylvie (2020). Microsatellite genotyping data for the Pacific oyster Crassostrea gigas . SEANOE . https://doi.org/10.17882/71543

2019

Le Cam Sabrina, Bidault Adeline, Charrier Gregory, Cornette Florence, Lamy Jean-Baptiste, Lapegue Sylvie, Lorance Pascal, Marandel Florianne, Trenkel Verena (2019). RADSeq-derived SNP genotypes for 159 thornback ray Raja clavata from the Bay of Biscay . SEANOE . https://doi.org/10.17882/70648
Le Cam Sabrina, Bidault Adeline, Charrier Gregory, Cornette Florence, Lamy Jean-Baptiste, Lapegue Sylvie, Lorance Pascal, Marandel Florianne, Trenkel Verena (2019). SNPs for thornback ray Raja clavata, validated from genotyped individuals . SEANOE . https://doi.org/10.17882/70546
Lapegue Sylvie, Huvet Arnaud, Quillien Virgile, Degremont Lionel, Batista Frederico, Boudry Pierre, Begout Marie-Laure (2019). Étude transcriptomique de la reproduction des huîtres du Pacifique et du Portugal. IFREMER. https://doi.org/10.12770/df5b36e7-ea13-462a-ae45-6a4ddef283bf

2018

Gagnaire Pierre-Alexandre, Lamy Jean-Baptiste, Cornette Florence, Heurtebise Serge, Degremont Lionel, Flahauw Emilie, Boudry Pierre, Bierne Nicolas, Lapegue Sylvie (2018). Genome-wide differentiation patterns in native and introduced populations of the cupped oysters Crassostrea gigas and Crassostrea angulata. IFREMER. https://doi.org/10.12770/dbf64e8d-45dd-437f-b734-00b77606430a


Bibliography

2025

Enez Florian, Puyo Sophie, Boudry Pierre, Lapègue Sylvie, Dégremont Lionel, Gonzalez-Araya Ricardo, Morvezen Romain, Chapuis Hervé, Haffray Pierrick (2025). Strong genotype-by-environment interaction across contrasted sites for summer mortality syndrome in the Pacific oyster Crassostrea gigas . Aquaculture , 595, 741501 (12p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2024.741501 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00906/101788/

2024

Doray Mathieu, Chevallier Adrien, Daures Fabienne, Dewals Jean François, Ernande Bruno, Girardin Raphael, Halouani Ghassen, Lapègue Sylvie, Lehuta Sigrid, Moullec Fabien, Pernet Fabrice, Petitgas Pierre, Travers-Trolet Morgane, Lacroix Denis (2024). Scénarios prospectifs : la pêche et l’aquaculture française en 2050 . RBE/HALGO/EMH 24-02 . https://doi.org/10.13155/102343
Lapègue Sylvie, Fortunato Honoré, Malkocs Tamas, Bouvier Corinne, Violette Herve, Cornette Florence, Arnaud-Haond Sophie, Bonin Aurélie, Spitz Jérôme, Viricel Pante Amelia, Noel Cyril, Lagarde Franck (2024). ADNe et diversité intraspécifique : opportunités et challenges au travers de deux exemples marins . Rencontres Bioinformatiques de l'Ifremer. 24 septembre 2024, La Tremblade .
Lapègue Sylvie, Cornette Florence, Heurtebise Serge, Lecadet Cyrielle, Arzul Isabelle, Carpentier Cynthia (2024). Diversité génétique des populations résiduelles d'huîtres plates de Nouvelle-Aquitaine (REFONA septembre 2024) .
Colston-Nepali Lila, Roux Camille, Doniol-Valcroze Paul, Reisser Celine, Cornette Florence, Fraisse Christelle, Bierne Nicolas, Lapègue Sylvie (2024). Parallel patterns of differentiation at chromosomal inversions and other genomic regions in the European flat oyster (Ostrea edulis) . I-MarCo 24 - 7th International conference on Marine Connectivity: Advancing research for improved management. 27-31 May 2024 - Montpellier, France .
Caill-Milly Nathalie, Sanchez Florence, Lissardy Muriel, Bru Noelle, Kermorvant Claire, de Montaudouin Xavier, Lapègue Sylvie, Riquet Florentine, Bouché Ludovic, D'Hardiville Céline, Lagarde Franck, Chambouvet Aurélie, Mayot Nicolas, Dauvin Jean-Claude, Pezy Jean-Philippe, Basuyaux Olivier, Gueguen Anthony, Weiller Yohan (2024). Asari clam (Ruditapes philippinarum) in France: Fishing activity, governance and present knowledge challenges regarding biology and ecology . 5th International Manila Clam (Asari) Symposium. 2-4 June 2024, Gunsan, Korea .

2023

Doray Mathieu, Chevallier Adrien, Daures Fabienne, Ernande Bruno, Girardin Raphael, Halouani Ghassen, Lapègue Sylvie, Lehuta Sigrid, Pernet Fabrice, Petitgas Pierre, Travers-Trolet Morgane, Dewals Jean François, Moullec Fabien, Lacroix Denis (2023). Quelle mer nourricière en 2050? Scénarios prospectifs pour la pêche et l'aquaculture en France . projet Foresea 2050 . https://archimer.ifremer.fr/doc/00875/98709/
Boulaire Eliot, Bouvier Corinne, Cornette Florence, Violette Hervé, Lagarde Franck, Lapègue Sylvie (2023). Résultats préliminaires du projet PALDIAG pour la lagune de Thau . Développer l’outil génétique pour diagnostiquer la diversité des populations de palourdes européennes en Lagune de Thau et dans le Bassin d’Arcachon pour envisager une restauration future .
Colston-Nepali Lila, Doniol-Valcroze Paul, Reisser Celine, Fraisse Christelle, Cornette Florence, Bierne Nicolas, Lapègue Sylvie (2023). Parallel differentiation and structural variation in the European flat oyster . SMBE23 - Conference of the Society for Molecular Biology and Evolution. 23-27 July 2023, Ferrata, Italy.
Gaillard Laurène, Lapègue Sylvie, Reisser Celine, Cornette Florence, Villeger Sébastien, Ernande Bruno, Gagnaire Pierre-Alexandre (2023). Déterminants écologiques de la diversité génétique chez les poissons marins des écosystèmes d'Atlantique et de Méditerranée . FORESEA 2050 - Livrable 1.1.3 . https://doi.org/10.13155/101002
Pouvreau Stephane, Lapègue Sylvie, Arzul Isabelle, Boudry Pierre (2023). Fifty years of research to counter the decline of the European flat oyster (Ostrea edulis): a review of French achievements and prospects for the restoration of remaining beds and revival of aquaculture production . Aquatic Living Resources , 36, 13 (18p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.1051/alr/2023006 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00836/94781/
Mendez-Fernandez Paula, Dabin Willy, Rouby Etienne, Richard Gaëtan, Lapègue Sylvie, Spitz Jérôme (2023). DELMOGES. Campagne de collecte de biopsies : DELphis golfe de Gascogne Océanique STructure . Campagne de collecte de biopsies : DELphis golfe de Gascogne Océanique STructure. Livrable 1.11 . https://archimer.ifremer.fr/doc/00834/94566/
Lapègue Sylvie, Reisser Celine, Harrang Estelle, Heurtebise Serge, Bierne Nicolas (2023). Genetic parallelism between European flat oyster populations at the edge of their natural range . Evolutionary Applications , 16(2), 393-407 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1111/eva.13449 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00787/89879/
Patrissi Michela, Bernard Ismaël, Hugo Florian, Limonet Jordane, Violette Hervé, Sanchez Florence, Caill-Milly Nathalie, Bouvier Corine, Lapègue Sylvie, Holley Jean-Franois, Lagarde Franck (2023). Projet PALTEVA : Diagnostic de l’état de la population de palourdes européennes (Ruditapes decussatus) dans la lagune de Thau. Suivi 2023. 47p. https://archimer.ifremer.fr/doc/00877/98910/

2021

Pouvreau Stephane, Cochet Hélène, Fabien Aurélie, Arzul Isabelle, Lapegue Sylvie, Gachelin Sonia, Salaun Benoit (2021). Inventaire, diagnostic écologique et restauration des principaux bancs d’huitres plates en Bretagne : le projet FOREVER . Rapport final. Contrat FEAMP 17/2215675 . https://doi.org/10.13155/79506
Lupo Coralie, Bougeard Stéphanie, Le Bihan Véronique, Blin Jean Louis, Allain Gwenhael, Azéma Patrick, Benoit Fabienne, Béchemin Christian, Bernard Ismaël, Blachier Philippe, Brieau Léa, Danion Morgane, Garcia Aurélie, Gervasoni Erika, Glize Philippe, Lainé Audrey, Lapègue Sylvie, Mablouké Cécile, Poirier Laurence, Raymond Jean Christophe, Treilles Michael, Chauvin Claire, Le Bouquin Sophie (2021). Mortality of marine mussels Mytilus edulis and M. galloprovincialis: systematic literature review of risk factors and recommendations for future research . Reviews In Aquaculture , 13(1), 504-536 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1111/raq.12484 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00642/75438/

2020

Lapegue Sylvie, Heurtebise Serge, Cornette Florence, Guichoux Erwan, Gagnaire Pierre-Alexandre (2020). Genetic Characterization of Cupped Oyster Resources in Europe Using Informative Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Panels . Genes , 11(4), 451(17p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.3390/genes11040451 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00623/73544/

2019

Lupo Coralie, Bougeard Stéphanie, Chauvin Claire, Allain Gwenhael, Azema Patrick, Benoit Fabienne, Bechemin Christian, Bernard Ismaël, Beuguel Jacques, Blachier Philippe, Blin Jean-Louis, Brieau Léa, Danion Morgane, Garcia Aurélie, Glize Philippe, Laine Audrey, Lapegue Sylvie, Le Bihan Véronique, Mablouke Cécile, Poirier Laurence, Raymond Jean Christophe, Treilles Michaël, Le Bouquin Sophie (2019). Challenges for planning an eco-epidemiological survey to hierarchize risk factors of marine mussel mortalities . AquaEpi II 2019 - 2nd International Scientific Conference on Aquatic Animal Epidemiology. 4-6 November 2019 - Hua Hin, Thailand .
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2018

Gagnaire Pierre-Alexandre, Lamy Jean-Baptiste, Cornette Florence, Heurtebise Serge, Degremont Lionel, Flahauw Emilie, Boudry Pierre, Bierne Nicolas, Lapegue Sylvie (2018). Analysis of genome-wide differentiation between native and introduced populations of the cupped oysters Crassostrea gigas and Crassostrea angulata . Genome Biology And Evolution , 10(9), 2518-2534 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1093/gbe/evy194 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00455/56622/
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Caill-Milly Nathalie, Morandeau Gilles, Castege Iker, Sanchez Florence, Lissardy Muriel, Chust Guillem, Borja Angel, Auby Isabelle, Lapegue Sylvie, Prou Jean, Oger-Jeanneret Helene, Lassalle Géraldine, Prevost Etienne, Buoro Mathieu, Lobry Jérémy, de Pontual Helene, de Casamajor Marie-Noelle, Biais Gerard, D'Elbee Jean (2018). Les ressources exploitées par la pêche et la conchyliculture . In AcclimaTerra, Le Treut, H. (dir). Anticiper les changements climatiques en Nouvelle-Aquitaine. Pour agir dans les territoires. Éditions Région Nouvelle-Aquitaine, 2018. ISBN : 978-2-9564516-0-0. Chap.8, pp.200-223 (Editions Région Nouvelle-Aquitaine) . https://archimer.ifremer.fr/doc/00444/55568/

2017

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Gagnaire Pierre-Alexandre, Lamy Jean-Baptiste, Cornette Florence, Heurtebise Serge, Flahauw Emilie, Degremont Lionel, Auge M.T., Boudry Pierre, Bierne Nicolas, Lapegue Sylvie (2017). Genomic patterns of differentiation in native and introduced populations of the cupped oysters Crassostrea gigas and Crassostrea angulata (and in hybrid progenies) . iMarCo2017 - 3rd International Marine Connectivity Conference. September 11-13, 2017, Louvain-la-Neuve, Belgium .
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Arzul Isabelle, Canier Lydie, Chollet Bruno, Dubreuil Christine, Noyer Mathilde, Garcia Celine, Lupo Coralie, Osta Amigo Axel, Travers Marie-Agnes, Morga Benjamin, Tourbiez Delphine, Faury Nicole, Bechemin Christian, Lapegue Sylvie (2017). European Union Reference Laboratory for Mollusc Diseases. Technical Report 2016 .
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Bechemin Christian, Soletchnik Patrick, Polsenaere Pierre, Le Moine Olivier, Pernet Fabrice, Protat Martin, Fuhrmann Marine, Quere Claudie, Goulitquer Sophie, Corporeau Charlotte, Lapegue Sylvie, Travers Marie-Agnes, Morga Benjamin, Garrigues Manon, Garcia Celine, Haffner Philippe, Dubreuil Christine, Faury Nicole, Baillon Laury, Baud Jean-Pierre, Renault Tristan (2015). Episodes de mortalité massive de moules bleues observés en 2014 dans les Pertuis charentais . Bulletin Epidémiologie, Santé animale et alimentaion , (67), 6-9 . Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00312/42343/
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Bigot L., Dubos M. P., Dheilly N., Favrel P., Kellner K., Lelong C., Martinez A. S., Riviere G., Santerre C., Sourdaine P., Degremont Lionel, Flahauw Emilie, Hatt Philippe-Jacques, Heurtebise Serge, Lapegue Sylvie, Azzouzi N., Galibert F., Boudry Pierre, Corporeau Charlotte, Fabioux Caroline, Guevelou Eric, Huvet Arnaud, Sussarellu Rossana (2012). Etude transcriptomique, génétique et fonctionnelle de la gamétogenèse chez l'huître creuse Crassostrea gigas . Colloque AGENAE-GENANIMAL, La Rochelle, 20-21 Mars 2012 . https://archimer.ifremer.fr/doc/00107/21781/

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