Domaines de recherche
Pathologie des espèces exploitées ; gestion des ressources renouvelables ; fonctionnement durable des écosystèmes marins littoraux
Projets nationaux ou internationaux
Projet européen BIVALIFE
Jeux de données
2024
Normand Julien, Lemesle Stephanie, Grizon James, Louis Wilfried (2024). The Mytilobs network datasets . SEANOE . https://doi.org/10.17882/87816
2019
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Bibliographie
2024
Meteigner Claire, Guesdon Stephane, Antajan Elvire, Bernard Guillaume, Caill-Milly Nathalie, Connes Coralie, de Casamajor Marie-Noelle, Ganthy Florian, Gouriou Laure, Lissardy Muriel, Perriere-Rumebe Myriam, Rigouin Loic, Sanchez Florence, Trut Florence, Bruneau Audrey, Costes Louis, Deborde Jonathan, Geairon Philippe, Gueux Aurore, Grizon James, Le Fur Ines, Pepin Jean-Francois, Piraud Aude, Seugnet Jean-Luc, Soudant Dominique, Michel Valérie, Dupin Michel (2024). DCE Bassin Adour-Garonne : hydrologie et phytoplancton. Résultats 2018-2023 . ODE/COAST/LERAR/24.014. 73p. https://doi.org/10.13155/102288
Pepin Jean-Francois, Curd Amelia, Massé Cécile, Bouquet Anne Lise, Daffe Cerise, Droual Gabin, Dubreuil Christine, Nunes Flavia, Roche Emilie, Antajan Elvire, Sauriau Pierre-Guy (2024). Detecting two marine non-indigenous species in the Bay of Biscay threatening biodiversity and shellfish farming from the French coast using eDNA and molecular approaches . ISOBAY 18 – XVIIIe International Symposium on Oceanography of the Bay of Biscay. June 5-7, 2024, , La Rochelle, France . https://archimer.ifremer.fr/doc/00895/100660/
Le Fur Ines, Costes Louis, Bruneau Audrey, Grouhel Anne, Rocq Sophie (2024). Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département de la Charente-Maritime. Période 2021-2023 . ODE/LITTORAL/LER/PC 24.01 . https://doi.org/10.13155/100340
Morga Benjamin, Mege Mickael, Faury Nicole, Dégremont Lionel, Petton Bruno, Pépin Jean-Francois, Renault Tristan, Montagnani Caroline (2024). Antiviral protection in the Pacific oyster Crassostrea (Magallana) gigas against OsHV-1 infection using UV-inactivated virus . Frontiers In Marine Science , 11, 1378511 (10p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.3389/fmars.2024.1378511 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00888/100030/
Le Fur Ines, Bruneau Audrey, Guesdon Stephane, Gueux Aurore, Piraud Aude, Costes Louis (2024). Qualité du Milieu Marin Littoral. Bulletin de la surveillance 2022. Départements de Charente-Maritime et de Vendée (sud) . ODE/LITTORAL/LER-PC/24.001 . https://archimer.ifremer.fr/doc/00882/99431/
Garcia Celine, Charles Maud, Chollet Bruno, Nadeau Aurelie, Serpin Delphine, Quintric Laure, Pepin Jean-Francois, Houssin Maryline, Lupo Coralie (2024). Understanding the role of Francisella halioticida in mussel mortalities in France: an integrative approach . Diseases Of Aquatic Organisms , 158, 81-99 . https://doi.org/10.3354/dao03782
2023
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Siano Raffaele, Arzul Isabelle, Gourmelon Michele, Le Guyader Soizick, Durand Patrick, Serghine Joelle, Parnaudeau Sylvain, Quere Julien, Schmitt Sophie, Francoise Sylvaine, Mary Charlotte, Hernandez Farinas Tania, Terre Terrillon Aouregan, Lebrun Luc, Chomerat Nicolas, Seugnet Jean-Luc, Pepin Jean-Francois, Felix Christine, Serais Ophelie, Gobet Angélique, Chevalier Mathieu, Chevignon Germain, Lecadet Cyrielle, Morga Benjamin, Piquet Jean-Come, Lemoine Maud, Leroi Laura, Noel Cyril (2023). Coastal microbiomes in riverine ecosystems of the French coastline: the ROME project . ISEEMPD 2022 - International Symposium on Ecology and Evolution of Marine Parasites and Diseases. 15-18 November 2022 .
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Masse Cecile, Humbert Suzie, Curd Amelia (2023). Compte-rendu de l'atelier national "espèces non indigènes" (ENI), MNHN Paris, le 26 septembre 2023 .
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Siano Raffaele, Arzul Isabelle, Gourmelon Michele, Le Guyader Soizick, Durand Patrick, The Rome Consortium (2023). Coastal microbiomes in estuarine ecosystems of France: the eDNA network ROME . ASC 2023 - ICES Annual Science Conference 2023. 11–14 September 2023 Bilbao, Spain .
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Siano Raffaele, Arzul Isabelle, Gourmelon Michele, Le Guyader Soizick, Durand Patrick, Serghine Joelle, Parnaudeau Sylvain, Quere Julien, Schmitt Sophie, Francoise Sylvaine, Mary Charlotte, Hernandez Farinas Tania, Terre Terrillon Aouregan, Lebrun Luc, Chomerat Nicolas, Seugnet Jean-Luc, Pepin Jean-Francois, Felix Christine, Serais Ophelie, Gobet Angélique, Chevalier Mathieu, Chevignon Germain, Lecadet Cyrielle, Morga Benjamin, Piquet Jean-Come, Lemoine Maud, Leroi Laura, Noel Cyril (2023). Coastal microbiomes in estuarine ecosystems of France: the eDNA network ROME . ASLO - Aquatic Sciences Meeting 2023 "Resilience and Recovery in Aquatic Systems". 4-9 June 2023, Palma de Mallorca, Spain.
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Sauriau Pierre-Guy, de Montaudouin Xavier, Aubert Fabien, Charpentier Patrick, de Casamajor Marie-Noelle, Fichet Denis, Guyot Thierry, Jourde Jérôme, Le Duigou Mathieu, Masse Cécile, Pante Eric, Pepin Jean-Francois, Pigeot Jacques, Roche Emilie, Thirion Jean-Marc, Vollette Julie (2023). Sur quelques curiosités d’histoire naturelle dans les pertuis charentais : faune des invertébrés marins . Annales de la Société des sciences naturelles de la Charente-Maritime , 11(5), 533-548 .
Le Fur Ines, Grizon James, Vallee Pierre, Costes Louis, Pepin Jean-Francois, Bruneau Audrey, Grouhel Anne, Rocq Sophie, Reynaud Yann (2023). Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département de la Charente-Maritime. Période 2020-2022 . RST/ODE/UL/LER.PC/23.004 . https://doi.org/10.13155/94615
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2022
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Le Fur Ines, Bruneau Audrey, Deborde Jonathan, Guesdon Stephane, Gueux Aurore, Piraud Aude (2022). Qualité du Milieu Marin Littoral. Bulletin de la surveillance 2021. Départements de Charente-Maritime et de Vendée (sud) . ODE/LITTORAL/LER-PC/22.004 . https://doi.org/10.13155/90555
Le Fur Ines, Gautier Emeric, Grizon James, Geairon Philippe, Pepin Jean-Francois, Bruneau Audrey, Grouhel-Pellouin Anne, Piquet Jean-Come, Rocq Sophie (2022). Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département de Charente-Maritime (17). Edition 2022 . RST/ODE/UL/LER.PC22.003 . https://doi.org/10.13155/88087
Gangnery Aline, Fleury Elodie, Soudant Dominique, Richard Marion, Lagarde Franck, Guesdon Stephane, Pepin Jean-Francois, Bruneau Audrey, Derolez Valerie (2022). Les données des réseaux pour étudier les trajectoires des (socio-)écosystèmes côtiers : le projet RETROSCOPE . Journée interne Ifremer ECOSCOPA. 08 Février 2022 .
Hammel Maurine, Simon Alexis, Arbiol Christine, Villalba Antonio, Burioli Erika Av, Pépin Jean-Francois, Lamy Jean-Baptiste, Benabdelmouna Abdellah, Bernard Ismael, Houssin Maryline, Charrière Guillaume, Destoumieux Garzon Delphine, Welch John J., Metzger Michael J, Bierne Nicolas (2022). Prevalence and polymorphism of a mussel transmissible cancer in Europe . Molecular Ecology , 31(3), 736-751 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1111/mec.16052 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00703/81540/
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2021
UMS Patrimoine Naturel, Ifremer, Université de Bordeaux (2021). Compte rendu de l’atelier national « espèces non indigènes » (ENI), 14.10.2021, MNHN Paris .
Morga Benjamin, Jacquot Maude, Pelletier Camille, Chevignon Germain, Dégremont Lionel, Biétry Antoine, Pepin Jean-Francois, Heurtebise Serge, Escoubas Jean Michel, Bean Tim P., Rosani Umberto, Bai Chang-Ming, Renault Tristan, Lamy Jean-Baptiste (2021). Genomic Diversity of the Ostreid Herpesvirus Type 1 Across Time and Location and Among Host Species . Frontiers In Microbiology , 12, 711377 (13p.) . Publisher's official version : https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.711377 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00706/81762/
Le Fur Ines, Rocq Sophie, Morin Dimitri, Grizon James, Geairon Philippe, Gervais Hugo, Pepin Jean-Francois, Gautier Emeric, Grouhel-Pellouin Anne, Piquet Jean-Come, Bruneau Audrey (2021). Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département de la Charente-Maritime (17). Edition 2021 . RST.ODE/UL/LER/PC21.001 . https://doi.org/10.13155/80788
Le Fur Ines, Rocq Sophie, Morin Dimitri, Grizon James, Geairon Philippe, Gervais Hugo, Pepin Jean-Francois, Gautier Emeric, Grouhel-Pellouin Anne, Piquet Jean-Come, Bruneau Audrey (2021). Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Département de la Vendée (85). Edition 2021 . RST.ODE/UL/LER/PC21.002 . https://doi.org/10.13155/80793
Ifremer/ODE/LITTORAL/LERPC/Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais (2021). Qualité du Milieu Marin Littoral. Bulletin de la surveillance 2020. Départements de Charente‐Maritime et de Vendée (sud) . ODE/LITTORAL/LER.PC/21.009 . https://archimer.ifremer.fr/doc/00747/85927/
2020
Normand Julien, Pepin Jean-Francois, Le Merrer Yoann, Guesdon Stephane, Soletchnik Patrick, Fortune Mireille, Bizzozero Lucie, Souchu Philippe, Cochennec-Laureau Nathalie, Bruneau Audrey (2020). Demande d’analyse des facteurs de l’environnement (paramètres météorologiques et hydrobiologiques) susceptibles d’expliquer les mortalités observées en 2019 et 2020 . DDTM 85 - Direction Départementale des Territoires et de la Mer de la Vendée, Service Gestion Durable de la Mer et du Littoral, Unité Cultures Marines, Les Sables-d'Olonne , Ref. ODE/LITTORAL/LER/PC-20.007 Expertise lfremer N° 20-086 - votre mail du 6 mai 2020 , 18p., 1p., 18p. https://archimer.ifremer.fr/doc/00677/78950/
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Pepin Jean-Francois (2020). Diversité microbienne dans le contexte d’épisodes de mortalité de moules Mytilus edulis en milieu côtier : étude de taxons bactériens du microbiome des moules et de leur environnement / Microbial diversity in the context of mussels mass-mortality episodes, Mytilus edulis, in coastal environments: study of bacterial taxa from mussels microbiome and their environment . Rapport de stage Master 2. Mention : Sciences Pour l’Environnement (SPE), Parcours : Gestion de l’Environnement et Ecologie Littorale (GEEL) Année 2019-2020. , Université de la Rochelle, France / MSc dissertation, Environmental Sciences programme Environmental Management and Coastal Ecology. University of La Rochelle, France .
Pepin Jean-Francois (2020). Etude préliminaire pour la recherche du taxon Francisella halioticida (Brevik et al., 2011) et autres taxons bactériens non répertoriés en France dans les séquences du gène de l’ARNr 16S produites par NGS à partir du microbiome de moules et de la colonne d’eau dans le cadre du projet MORBLEU. Analyse de données de metabarcoding des communautés bactériennes marines pour la détection de taxons cibles . ODE/UL/LERPC/JFP .
Pepin Jean-Francois (2020). Rapport de synthèse sur la communication et la valorisation des données liées à l’étude MORBLEU et aux mortalités de moules bleues en France . R.INT./ODE/UL/LERPC-2020 . https://doi.org/10.13155/77962
Pepin Jean-Francois, Soletchnik Patrick, Le Moine Olivier, Polsenaere Pierre, Genauzeau Sylvie, Robert Stephane, Grizon James, Seugnet Jean-Luc, Schmitt Anne, Chabirand Jean-Michel, Tourbiez Delphine, Travers Marie-Agnes, Guesdon Stephane (2020). Does Global Warming Favor the Occurrence of Recent Blue Mussel Mortality Events in France? In Ceccaldi HJ., Hénocque Y., Komatsu T., Prouzet P., Sautour B., Yoshida J. (eds) Evolution of Marine Coastal Ecosystems under the Pressure of Global Changes. Springer, Cham. Print ISBN 978-3-030-43483-0 Online ISBN 978-3-030-43484-7. Chap.17, pp 243-251 (Springer Science and Business Media LLC) .
2019
Pepin Jean-Francois, Benabdelmouna Abdellah, Bierne Nicolas, Chasselin Leo, Degremont Lionel, Guesdon Stephane, Lamy Jean-Baptiste, Le Moine Olivier, Normand Julien, Robert Stephane, Soletchnik Patrick (2019). Mortalités de moules bleues dans les secteurs mytilicoles : description et étude des facteurs liés, action – MORBLEU-2018 . RBE/SG2M-LGPMM-2019 . https://doi.org/10.13155/70056
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Pepin Jean-Francois, Bouget Jean-Francois, Chabirand Jean-Michel, Chasselin Leo, Costes Louis, Grizon James, Lejolivet Aurore, Le Noc Sandrine, Palvadeau Hubert, Schmitt Anne, Seugnet Jean-Luc, Soletchnik Patrick, Travers Marie-Agnes, Tourbiez Delphine, Guesdon Stephane (2019). Première évaluation de la diversité des communautés microbiennes planctoniques au cours d'épisodes de mortalité des moules bleues en France : utilisation de l'approche de métabarcoding pour l'analyse de l'ADN environnemental . Journées scientifiques et techniques Mer " (JST) : Journées de partage entre les experts de la biodiversité marine, AFB - Agence Française pour la Biodiversité. 11-12 juin 2019, Océanopolis Brest, France . https://archimer.ifremer.fr/doc/00505/61664/
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Pepin Jean-Francois, Benabdelmouna Abdellah, Bierne Nicolas, Costes Louis, Degremont Lionel, Garcia Celine, Guesdon Stephane, Lamy Jean-Baptiste, Le Moine Olivier, Morga Benjamin, Normand Julien, Robert Stephane, Saunier Alice, Soletchnik Patrick, Travers Marie-Agnes (2018). Mortalités de moules bleues dans les secteurs mytilicoles : description et étude des facteurs liés, action –MORBLEU-2017 . R.INT.RBE/SG2M-LGPMM-2018 . https://doi.org/10.13155/61503
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Pepin Jean-Francois, Soletchnik Patrick, Le Moine Olivier, Polsenaere Pierre, Genauzeau Sylvie, Robert Stephane, Grizon James, Seugnet Jean-Luc, Schmitt Anne, Chabirand Jean-Michel, Tourbiez Delphine, Travers Marie-Agnes, Guesdon Stephane (2017). Does global warming favour the occurrence of recent blue mussel mortality events in France? COAST Bordeaux 2017 "Evolution systémique et de la biodiversité des environnements côtiers et littoraux sous la pression du changement climatique, des facteurs naturels et anthropiques locaux". Du 7 au 10 novembre 2017, Bordeaux . https://archimer.ifremer.fr/doc/00415/52697/
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Polsenaere Pierre, Soletchnik Patrick, Le Moine Olivier, Gohin Francis, Robert Stephane, Pepin Jean-Francois, Stanisiere Jean-Yves, Dumas Franck, Bechemin Christian, Goulletquer Philippe (2017). Potential environmental drivers of a regional blue mussel mass mortality event (winter 2014, Breton Sound, France) . Journal Of Sea Research , 123, 39-50 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1016/j.seares.2017.03.005 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00376/48708/
Pepin Jean-Francois, Benabdelmouna Abdellah, Degremont Lionel, Guesdon Stephane, Le Moine Olivier, Morga Benjamin, Bierne Nicolas, Travers Marie-Agnes, Robert Stephane, Soletchnik Patrick (2017). Mortalités de moules bleues dans les secteurs mytilicoles charentais et vendéens : description et facteurs liés – MORBLEU . R.INT.RBE/SG2M-LGPMM . https://doi.org/10.13155/50288
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Guesdon Stephane, Travers Marie-Agnes, Hervio Heath Dominique, Derrien Annick, Genauzeau Sylvie, Schmitt Anne, Leroi Laura, Pepin Jean-Francois (2016). Equilibre microbien et initiation des épisodes de mortalité de moules. Y aurait-il un lien? Journées ODE. 8-9 novembre 2016. Logonna Daoulas, France .
Pepin Jean-Francois, Travers Marie-Agnes (2016). Projet de recherche "MORBLEU". Environnement des écosystèmes mytilicoles et crises de mortalité récentes, quelles interactions? Etude des facteurs pouvant favoriser les surmortalités de moules bleues (Mytilus edulis) dans les pertuis charentais et en Vendée (2014-2016) . Journées ODE. 8-9 novembre 2016. Logonna Daoulas, France . https://archimer.ifremer.fr/doc/00361/47174/
Robert Stephane, Soletchnik Patrick, Pepin Jean-Francois, Le Moine Olivier, Guesdon Stephane, Travers Marie-Agnes, Garcia Celine, Degremont Lionel, Benabdelmouna Abdellah, Osta Amigo Axel, Bierne Nicolas (2016). Mortalités massives de moules bleues (Mytilus edulis) sur les côtes françaises (2014-2016) : Eléments de connaissances (mai 2016). Rencontre avec des professionnels de la mytiliculture à Ifremer la Rochelle, le 20 mai 2016 . Rencontre avec des professionnels de la mytiliculture. 20 mai 2016, Ifremer La Rochelle .
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Lupo Coralie, Osta Amigo Axel, Fleury Elodie, Robert Stephane, Garcia Celine, Arzul Isabelle, Baillon Laury, Bechemin Christian, Canier Lydie, Chollet Bruno, Dechamps Lucie, Dubreuil Christine, Faury Nicole, Francois Cyrille, Godfrin Yoann, Lapegue Sylvie, Morga Benjamin, Travers Marie-Agnes, Tourbiez Delphine, Masson Jean-Claude, Verin Francoise, Cordier Remy, Gangnery Aline, Louis Wilfried, Mary Charlotte, Normand Julien, Penot Julia, Cheve Julien, Dagault Francoise, Le Jolivet Aurore, Le Gal Dominique, Lebrun Luc, Bellec Gwenael, Bouget Jean-Francois, Cochennec-Laureau Nathalie, Palvadeau Hubert, Grizon James, Chabirand Jean-Michel, Pepin Jean-Francois, Seugnet Jean-Luc, D'Amico Florence, Maurer Daniele, Le Gall Patrik, Mortreux Serge, Baldi Yoann, Orsoni Valerie, Bouchoucha Marc, Le Roy Valerian, Pouvreau Stephane, Queau Isabelle, Lamoureux Alice (2016). Bilan 2015 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins . Convention DGAL 2015-269/2101633617- IFREMER 15/1212080/NF . https://archimer.ifremer.fr/doc/00324/43486/
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Pepin Jean-Francois, Travers Marie-Agnes, Bechemin Christian, Soletchnik Patrick, Le Moine Olivier, Guesdon Stephane, Lapegue Sylvie, Benabdelmouna Abdellah, Hervio Heath Dominique, Bierne Nicolas (2016). Projet MORBLEU. Mortalités des moules bleues dans les Pertuis Charentais et Vendée 2014-2015 : de l’expertise aux actions de recherche. Description des conditions associées aux épisodes de mortalité. Point d'information sur l'étude en cours. Journée de la Santé des mollusques marins et Journées de l'Observation conchylicole. 02 au 04 février 2016, Ifremer, Nantes, France .
Dégremont Lionel, Morga Benjamin, Trancart Suzanne, Pépin Jean-Francois (2016). Resistance to OsHV-1 Infection in Crassostrea gigas Larvae . Frontiers in Marine Science , 3(15), 12p. Publisher's official version : https://doi.org/10.3389/fmars.2016.00015 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00313/42441/
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