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Garcia Celine, Charles Maud, Chollet Bruno, Nadeau Aurelie, Serpin Delphine, Quintric Laure, Pepin Jean-Francois, Houssin Maryline, Lupo Coralie (2024). Understanding the role of Francisella halioticida in mussel mortalities in France: an integrative approach . Diseases Of Aquatic Organisms , 158, 81-99 . Publisher's official version : https://doi.org/10.3354/dao03782 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00888/100037/

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Siano Raffaele, Arzul Isabelle, Gourmelon Michele, Le Guyader Soizick, Durand Patrick, Serghine Joelle, Parnaudeau Sylvain, Quere Julien, Schmitt Sophie, Francoise Sylvaine, Mary Charlotte, Hernandez Farinas Tania, Terre Terrillon Aouregan, Lebrun Luc, Chomerat Nicolas, Seugnet Jean-Luc, Pepin Jean-Francois, Felix Christine, Serais Ophelie, Gobet Angélique, Chevalier Mathieu, Chevignon Germain, Lecadet Cyrielle, Morga Benjamin, Piquet Jean-Come, Lemoine Maud, Leroi Laura, Noel Cyril (2023). Coastal microbiomes in riverine ecosystems of the French coastline: the ROME project . ISEEMPD 2022 - International Symposium on Ecology and Evolution of Marine Parasites and Diseases. 15-18 November 2022 .

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Siano Raffaele, Arzul Isabelle, Gourmelon Michele, Le Guyader Soizick, Durand Patrick, Serghine Joelle, Parnaudeau Sylvain, Quere Julien, Schmitt Sophie, Francoise Sylvaine, Mary Charlotte, Hernandez Farinas Tania, Terre Terrillon Aouregan, Lebrun Luc, Chomerat Nicolas, Seugnet Jean-Luc, Pepin Jean-Francois, Felix Christine, Serais Ophelie, Gobet Angélique, Chevalier Mathieu, Chevignon Germain, Lecadet Cyrielle, Morga Benjamin, Piquet Jean-Come, Lemoine Maud, Leroi Laura, Noel Cyril (2023). Coastal microbiomes in estuarine ecosystems of France: the eDNA network ROME . ASLO - Aquatic Sciences Meeting 2023 "Resilience and Recovery in Aquatic Systems". 4-9 June 2023, Palma de Mallorca, Spain.

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Hammel Maurine, Simon Alexis, Arbiol Christine, Villalba Antonio, Burioli Erika Av, Pépin Jean-Francois, Lamy Jean-Baptiste, Benabdelmouna Abdellah, Bernard Ismael, Houssin Maryline, Charrière Guillaume, Destoumieux Garzon Delphine, Welch John J., Metzger Michael J, Bierne Nicolas (2022). Prevalence and polymorphism of a mussel transmissible cancer in Europe . Molecular Ecology , 31(3), 736-751 . Publisher's official version : https://doi.org/10.1111/mec.16052 , Open Access version : https://archimer.ifremer.fr/doc/00703/81540/

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Pepin Jean-Francois (2020). Diversité microbienne dans le contexte d’épisodes de mortalité de moules Mytilus edulis en milieu côtier : étude de taxons bactériens du microbiome des moules et de leur environnement / Microbial diversity in the context of mussels mass-mortality episodes, Mytilus edulis, in coastal environments: study of bacterial taxa from mussels microbiome and their environment . Rapport de stage Master 2. Mention : Sciences Pour l’Environnement (SPE), Parcours : Gestion de l’Environnement et Ecologie Littorale (GEEL) Année 2019-2020. , Université de la Rochelle, France / MSc dissertation, Environmental Sciences programme Environmental Management and Coastal Ecology. University of La Rochelle, France .

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Pepin Jean-Francois, Soletchnik Patrick, Le Moine Olivier, Polsenaere Pierre, Genauzeau Sylvie, Robert Stephane, Grizon James, Seugnet Jean-Luc, Schmitt Anne, Chabirand Jean-Michel, Tourbiez Delphine, Travers Marie-Agnes, Guesdon Stephane (2020). Does Global Warming Favor the Occurrence of Recent Blue Mussel Mortality Events in France? In Ceccaldi HJ., Hénocque Y., Komatsu T., Prouzet P., Sautour B., Yoshida J. (eds) Evolution of Marine Coastal Ecosystems under the Pressure of Global Changes. Springer, Cham. Print ISBN 978-3-030-43483-0 Online ISBN 978-3-030-43484-7. Chap.17, pp 243-251 (Springer Science and Business Media LLC) .

Pepin Jean-Francois, Benabdelmouna Abdellah, Bierne Nicolas, Chasselin Leo, Degremont Lionel, Guesdon Stephane, Lamy Jean-Baptiste, Le Moine Olivier, Normand Julien, Robert Stephane, Soletchnik Patrick (2019). Mortalités de moules bleues dans les secteurs mytilicoles : description et étude des facteurs liés, action – MORBLEU-2018 . RBE/SG2M-LGPMM-2019 . https://doi.org/10.13155/70056

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Pepin Jean-Francois, Bouget Jean-Francois, Chabirand Jean-Michel, Chasselin Leo, Costes Louis, Grizon James, Lejolivet Aurore, Le Noc Sandrine, Palvadeau Hubert, Schmitt Anne, Seugnet Jean-Luc, Soletchnik Patrick, Travers Marie-Agnes, Tourbiez Delphine, Guesdon Stephane (2019). Première évaluation de la diversité des communautés microbiennes planctoniques au cours d'épisodes de mortalité des moules bleues en France : utilisation de l'approche de métabarcoding pour l'analyse de l'ADN environnemental . Journées scientifiques et techniques Mer " (JST) : Journées de partage entre les experts de la biodiversité marine, AFB - Agence Française pour la Biodiversité. 11-12 juin 2019, Océanopolis Brest, France . https://archimer.ifremer.fr/doc/00505/61664/

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